Il vero salto di qualità nella storia che porta a Linux avvenne con la fondazione della FSF (Free Software Fundation) e lo GNU Project di Richard Stallman. Stallman (tuttora vivente) era un esperto di intelligenza artificiale e di Lisp, sviluppatore della prima versione di un editor molto famoso, Emacs (che vuol dire Editor MACroS), capace di gestire delle macro e di essere riconfigurato e programmato.

Richard Stallman è importantissimo nello sviluppo di Linux perché le idee su cui basa il progetto sono sue. Egli fondò la FSF mosso da una profonda convinzione sulla natura del software: secondo Stallman, il software è puro pensiero, ricerca scientifica, e come tale non può in nessun caso essere soggetto a protezione o restrizione di uso. Questo punto di vista porta alla conclusione che di ogni software va reso disponibile il sorgente in quanto risultato di ricerca che appartiene all'umanità, in modo che altri lo possano studiare ed eventualmente modificare. Molte critiche sono state fatte a questa impostazione, tra cui la principale è: di che cosa vivranno i programmatori? La risposta di Stallman è: di servizi e supporto al loro software. Che questa impostazione non sia utopica è dato dal fatto che esistono delle ditte a fini di lucro che fanno soldi vendendo supporto al free software; questo supporto è acquistato da colossi come Intel o Cisco, per citare qualcuno. Stallman mise in pratica la sua convinzione, fondando la FSF la cui missione era lo GNU Project: una versione completamente gratuita, ridistribuibile e migliore dello Unix (che allora era sotto il controllo di AT&T che ne aveva in gran parte ristretto l'uso del codice sorgente). GNU sta per GNU's Not Unix, un acronimo ricorsivo! In realtà gli americani non pronunciano la G per cui GNU suonerebbe come New, nuovo: l'intenzione originale era probabilmente di indicare il nuovo Unix. Tuttavia Stallman avvisa oggi di pronunciare la G per evitare "orribili confusioni".

Per garantire che nessuno possa appropriarsi del software sviluppato dalla FSF, magari cambiandone poche parti e privando gli altri del diritto di esaminarle, Stallman protesse il software GNU con una licenza, detta GNU Public License (GPL). La GPL è abbastanza "legalese" ma dice in sostanza che nessuno può appropriarsi del sorgente di un software: se viene distribuito un binario ottenuto da software GPLed, chi lo fa deve sempre rendere disponibile il codice sorgente e non ne può in nessun modo restringerne l'uso. Non solo: altrettanto importante è il fatto che se si sviluppa altro software derivato da software coperto da GPL, allora anche il lavoro derivato viene coperto da licenza GPL. Spesso si dice scherzosamente (ma non tanto) che la GPL è una licenza "virale", che si attacca a tutto i sorgenti che vengono a contatto con sorgenti "GPLed". Il software coperto da GPL o da licenze simili è detto free software, ed indica esplicitamente quel software il cui sorgente è liberamente disponibile. Notare che la GPL non impedisce di vendere il software. Quello che impedisce è la restrizione del "diritto" di esaminare e modificare i sorgenti e di sviluppare del lavoro derivato.

Forse le idee di Stallman potevano rimanere le utopiche opinioni di un idealista se non fosse che la FSF è riuscita negli anni a produrre una considerevole quantità di free software di alta qualità, sviluppato con criteri rigorosi e professionali. Un sistema operativo Unix è composto innanzitutto di un "kernel" in grado di far girare i programmi, ma anche e soprattutto di vari programmi utilizzati dall'utente. Oggi esiste il software commerciale e il sistema operativo è solo una base, ma ai tempi di Stallman si intendeva per sistema operativo un sistema completo dei programmi necessari per utilizzarlo e sviluppare altro software: la shell, il compilatore, l'editor e il formattatore di testi. Lo GNU Project quindi iniziò dallo sviluppo dei programmi "di contorno" da far girare sugli altri Unix non free prima di concentrarsi sullo sviluppo del kernel. Di conseguenza ha messo a disposizione una considerevole quantità di software di alta qualità liberamente utilizzabile nei limiti non restrittivi della GPL. Per questi motivi, molti Unix commerciali incorporano da tempo programmi free provenienti dallo GNU Project o dallo Unix BSD. Questo fatto è molto importante: l'uso di software free nel mondo Unix non è assolutamente una novità né uno scandalo: si tratta di software proveniente da progetti di ricerca o dalla FSF che può, in un certo senso, essere considerata una organizzazione culturale e scientifica. Per questo l'affidabilità e la qualità del free software è garantita dal prestigio scientifico di chi lo ha scritto, non dal marketing della software house. La FSF tra l'altro si finanzia tramite la rivendita di nastri e CD-ROM di free software. L'acquisto di questi supporti non è assolutamente obbligatorio: è solo un volontario contributo alla causa a cui è invitato chiunque abbia tratto giovamento dal free software o che creda all'ideale. La FSF riceve contributi anche da produttori di software commerciale che traggono utili dal free software incorporandolo nei loro sistemi.