Dal semplice esempio visto dovrebbe essere chiaro come la programmazione di shell sia nei fatti molto potente. In effetti si fa davvero molta strada solo con la shell, ma come tutte le cose che funzionano, quando si cerca di fare sempre di più si raaggiungono i limiti.

Il primo limite della programmazione di shell è la velocità. Si nota come occorra mandare in esecuzione numerosi programmi in parallelo, e quindi si ha una certa perdita di efficienza dovuta al fatto che più programmi stanno comunicano tra di loro. Non è infrequente mettere in pipeline anche cinque o sei comandi. Inoltre, programmando in questo modo, occorre spesso essere rindondanti o perdere tempo solo per manipolare dati intermedi. Il risultato è che per qualsiasi applicazione anche un po' complessa gli script di shell finiscono spesso per essere molto lenti.

Un altro aspetto è la disomogeneità dei vari comandi. Per quanto legati da convenzioni, i programmi Unix hanno origine diversa e spesso si comportano in maniera poco coerente. Per usare Unix a fondo occorre conoscere letteralmente centinaia di comando con switch diversi e poco in comune se non che producono output in formato testo. Infine c'è un problema di portabilità: uno script di shell spesso funziona solo su una particolare versione di un particolare sistema operativo, perchè fa riferimento a comandi e switch che possono non esserci in un'altra versione.

Il Perl è nato quando Larry Wall doveva risolvere un complesso problema di analisi di dati in formato testo (elaborazione di archivi di News). Questo problema fu affrontato con la shell, ma i dati erano troppo grossi e il primo tentativo non diede il risultato sperato. L'alternativa era quella di scrivere il programma in C. Larry, invece di scrivere una soluzione specifica per il suo problema, tentò di riciclare il lavoro per problemi futuri, creando un ibrido tra i principali "attori" della programmazione di shell: ovvero la shell stessa, il trattamento di testo con espressioni regolari del sed , il linguaggio di processing di testo awk e infine il linguaggio C. Il Perl è appunto questo. In pratica il Perl è una specie di Unix in miniatura che comprende dentro di sé tutta la cultura di Unix e riprende la maggior parte delle convenzioni e delle tecniche della programmazione di shell Unix. Per questo è così familiare e così apprezzato dai sistemisti Unix. Non devono imparare molto per mettersi subito al lavoro con il Perl.