Le seguenti funzioni gestiscono l'interfaccia al sistema operativo. Molte funzioni fanno riferimento a concetti del sistema operativo, come permessi, proprietario e data di ultima modifica, che sono state introdotte nel capitolo 2.

Le funzioni di gestione dei file hanno le seguenti caratteristiche da tenere presenti:

• Le date vengono ritornate come un numero, detto timestamp che rappresenta il numero di secondi dal 1 gennaio 1970. Questo numero può essere convertito in una data in formato giorno/mese/anno utilizzando la funzione date(formato, timestamp).
• Le funzioni fopen e popen ritornato un descrittore di file, ovvero un numero che rappresenta un file aperto. Questo valore viene utilizzato da molte altre funzioni che leggono e scrivono nei file.
• Le funzioni che esaminano i file (is_file, file_size eccetera) mantengono in una cache in memoria le informazioni in modo da leggerle dai file una volta sola. Questo però può fare sì, per file che variano spesso, che vengano ritornate informazioni non più valide. Per azzerare la cache si può chiamare la funzione clearstatcache().

ATTENZIONE: la seguente tabella non è completa ma comprende solo le funzioni di uso più frequente.

Funzione	Descrizione
basename(path)	Estrae il nome del file da un path completo.
chgrp(file, gruppo)	Cambia il gruppo di un file (riservata al super-utente).
chmod(file, modo)	Cambia i permessi di un file. Il modo deve essere un numero intero che codifica i permessi nel formato usato dal comando chmod.
chown(file,proprietario)	Cambia il proprietario di un file (riservata al super-utente).
copy(sorgente, destinazione)	Copia il file sorgente nella destinazione.
dirname(path)	Estrae il nome della directory da un path completo.
diskfreespace(directory)	Ritorna lo spazio disco disponibile in una directory.
fclose(file)	Chiude un file aperto con fopen.
feof(file)	Verifica se si è alla fine di un file aperto con fopen.
fgetc(file)	Legge un carattere da un file aperto con fopen.
fgets(file, max)	Legge una riga da un file aperto con fopen. Esattamente, legge fino al primo newline, alla fine del file oppure dopo aver letto max caratteri.
file(nome-file)	Legge un intero file e lo ritorna in un array in cui ogni elemento è una linea.
file_exists(nome-file)	Verifica se un file esiste.
fileatime(nome-file)	Ritorna la data di ultimo accesso al file.
filectime(nome-file)	Ritorna la data di ultima modifica del file.
filegroup(nome-file)	Ritorna il GID del file.
filemtime(nome-file)	Ritorna la data di ultima modifica del file.
fileowner(nome-file)	Ritorna l'UID del file.
fileperms(nome-file)	Ritorna i permessi del file (nel formato numerico accettato dal comando chmod).
filesize(nome-file)	Ritorna la dimensione del file.
filetype(nome-file)	Ritorna il tipo del file (dir, file, char, block, link, fifo, unknown).
fopen(nome-file, modo)	Apre un file, ritornando un valore che può essere useto per leggere o scrivere con fread, fgets eccetera. Il modo può essere r (lettura), r+ (lettura e scrittura), w (scrittura), w+ (lettura e scrittura), a (scrittura con accodamento alla fine), a+ (lettura e scrittura con accodamento alla fine). È possibile anche leggere file via http, e leggere e scrivere file via ftp: basta specificare l'URL come nome-file
fputs(file, stringa)	Scrive una stringa in un file aperto con fopen.
fread(file, n)	Legge n file da un file aperto con fopen.
fwrite(file, stringa)	Scrive una stringa in un file aperto con fopen.
is_dir(nome-file)	Verifica se il nome-file è una directory.
is_executable(nome-file)	Verifica se il nome-file è eseguibile.
is_file(nome-file)	Verifica se nome-file è un file normale.
is_link(nome-file)	Verifica se nome-file è un link simbolico.
is_readable(nome-file)	Verifica se nome-file è leggibile.
is_writeable(nome-file)	Verifica se nome-file è scrivibile.
mkdir(directory)	Crea una directory.
pclose(file)	Chiude un file aperto da popen
popen(comando, modo)	Manda in esecuzione il comando e legge dal suo input (se modo è r (lettura)) o scrive nel suo output (se modo è w (scrittura)). Ritorna un descrittore che può essere usato con le stesse funzioni che usano quello di fopen.
rename(origine, destinazione)	Cambia il nome di un file da origine a destinazione.
rewind(file)	Sposta all'inizio la posizione corrente di un file aperto con fopen.
rmdir(directory)	Cancella una directory.
symlink(nome-file, link )	Crea un link simbolico al nome-file.
tempnam(directory, prefisso)	Genera un nome di file unico nella directory con il prefisso specificato.
unlink(nome-file)	Cancella un file.
chdir(directory)	Cambia la directory corrente.